Het Atlas College maakt deel uit van verschillende samenwerkingsvormen/-verbanden.
- Samenwerkingsverband VO West-Friesland
- Samenwerkingsverband VO Waterland (SWV VO Waterland)
- Regionale Opleidingsschool West-Friesland (ROWF)
- Regionaal Platform Arbeidsmarktbeleid (RPOA NHN)
- Bestuurlijk overleg VO West-Friesland (BOVOWF)
- TOPgroep
- Regionaal Plan Onderwijsvoorzieningen (RPO)
- Sterk Techniek Onderwijs (STO)
- STO Waterland
- Techniekpact West-Friesland
- Lokaal Educatieve Agenda (LEA)
- Regionaal Educatieve Agenda (REA)
- Programma Voortijdig Schoolverlaten (VSV)
Naast bovengenoemde samenwerkingsverbanden, projecten en overlegstructuren werkt het Atlas College nauw samen met de PO- en MBO-scholen in de regio. Daarnaast wordt verbinding gezocht tussen sportverenigingen en scholen. Internationale samenwerking krijgt gestalte, onder andere in de vorm van Erasmus+ projecten, via uitwisseling van klassen binnen Europa, China en de Verenigde Staten.
Op techniekgebied bestaan er diverse samenwerkingstrajecten, zoals de landelijke stichting Technasium, M-tech, TIB-NHN (Toptechniek in bedrijf), Dudoc XP en de eerdergenoemde STO’s. Daarnaast zijn er samenwerkingen in diverse vormen en projecten met diverse partners uit het bedrijfsleven, het welzijnswerk, de cultuureducatie en de sport.